住宅ローンの抵当権設定、タイミングで税金が変わる？登録免許税が14万円違った話

住宅ローンを比較するとき、最初に見るのはだいたい金利です。

私もそうでした。金利、保証料、融資手数料、団信、繰上返済手数料。このあたりを並べて、「どこが一番トータルで安いか」を見ていました。

でも、実際に金融機関へ相談していく中で、少し意外なところに差が出ることを知りました。

それが、抵当権設定登記にかかる登録免許税です。

私のケースでは、借入予定額4,700万円で比較したところ、0.4%なら18.8万円、0.1%なら4.7万円。差額は14.1万円になります。金利差ではなく、「抵当権をいつ設定するか」という金融機関側の進め方で、ここまで諸費用が変わる可能性があると知って、かなり印象に残りました。

この記事では、住宅ローン比較中に見落としやすい抵当権設定のタイミングと登録免許税について、私が金融機関比較で気づいたことを整理します。税金の細かい最終判断は金融機関や司法書士に確認する前提で、「相談時に何を聞けばいいか」まで落とし込みます。

住宅ローン比較中に初めて知った「抵当権設定のタイミング」

家づくりの資金計画では、住宅ローンを複数の金融機関で比較することがあります。

私も、金利だけでなく、保証料、融資手数料、団信の上乗せ、つなぎ融資の有無、返済中の使いやすさなどを見ていました。住宅ローンは何十年も続くので、0.1%の金利差でも総返済額に大きく効きます。だから、どうしても金利表に目が行きます。

ところが、ある金融機関で説明を受けたときに、「抵当権を設定する時期によって登録免許税が変わる場合があります」と言われました。

最初は正直、意味がよく分かりませんでした。抵当権は住宅ローンを借りるなら設定するもの、登記費用も必要なもの、くらいの認識でした。金利や手数料のように金融機関ごとに比較する項目だとは思っていなかったんです。

ただ、話を聞くと、金融機関によって融資の出し方や担保設定のタイミングが違い、その結果として登録免許税の税率が変わる可能性があることが分かりました。これは、住宅ローンの比較表だけを見ていても気づきにくい部分です。

特に注文住宅では、土地代、着手金、中間金、最終金のように支払いが何回かに分かれます。建売住宅やマンションのように決済日が比較的まとまりやすいケースとは違い、建物完成前から資金が必要になることがあります。ここで、つなぎ融資を使うのか、分割実行にするのか、土地へ先に担保を設定するのかが金融機関ごとに変わってきます。

抵当権設定の登録免許税とは何か

住宅ローンを借りると、金融機関は土地や建物に抵当権を設定します。もし返済ができなくなった場合に、担保となる不動産から回収できるようにするためです。

その抵当権を法務局で登記するときにかかる税金が、登録免許税です。

2026年7月時点で確認できる財務省の資料では、抵当権設定登記の課税標準は債権金額の総額とされています。住宅ローンでいえば、ざっくり借入額に税率を掛けるイメージです。

また、財務省と国土交通省の案内では、住宅取得資金の貸付け等に係る抵当権の設定登記について、本則0.4%から特例0.1%へ軽減される制度が示されています。国土交通省の案内では、適用期限は令和9年3月31日までとされています。

ここで大事なのは、登録免許税は「司法書士に払う報酬」とは別の税金だということです。住宅ローンの見積もりでは、登記費用としてまとめて見えることがありますが、その中には登録免許税と司法書士報酬などが混ざっている場合があります。比較するなら、登録免許税だけを分けて聞いた方が分かりやすいです。

4,700万円の住宅ローンなら14.1万円差になる

私の借入予定額は4,700万円でした。ここに、抵当権設定登記の登録免許税率を当てはめると、差がかなりはっきり見えます。

通常の0.4%で計算すると、4,700万円 × 0.4% = 18万8,000円です。

一方、住宅用家屋の軽減措置などによって0.1%で見られる場合は、4,700万円 × 0.1% = 4万7,000円です。

その差は14万1,000円。住宅ローン全体から見れば小さく感じるかもしれませんが、家づくりの終盤に現金で出ていく諸費用として見ると、私はかなり大きいと感じました。

家づくりの終盤は、登記費用、火災保険、外構、引っ越し、家具家電、カーテン、エアコンなど、現金がどんどん出ていきます。そこに14万円の差が出るなら、カーテンや照明、外構の一部、家電の買い替えに十分影響します。

しかも、この差は毎月返済額の中に薄く溶けていくお金ではなく、登記のタイミングで諸費用として見えてくるお金です。住宅ローンの審査が通って、建物仕様もかなり固まり、いよいよ現実の支払いが近づいてきた段階で増えると心理的にも重いです。

住宅ローンの諸費用全体の見方は、住宅ローンの諸費用を4,000万円で整理した記事でも書いています。ただ、今回の登録免許税の話は、単なる諸費用の内訳というより、「金融機関の進め方で変わるかもしれない費用」として見た方が近いです。

A金融機関とB金融機関で何が違ったのか

今回比較した金融機関は、ここではA金融機関、B金融機関として書きます。銀行名そのものが大事というより、融資と抵当権設定の流れが違ったことがポイントだからです。

A金融機関では、建物完成前に土地へ抵当権を設定する進め方でした。私の場合、土地が家族名義で、その土地を担保として先に抵当権を設定するという説明です。この段階ではまだ住宅が完成していないため、住宅用家屋に対する登録免許税の軽減措置を使えず、0.4%で見るという話でした。

一方、B金融機関では、建物完成まで抵当権設定を待つ進め方でした。住宅が完成してから、土地と建物に抵当権を設定する流れです。その場合、住宅用家屋証明書などを使える前提で、0.1%の軽減税率を見込めるという説明でした。

もちろん、これは私が相談した時点での説明です。金融機関の商品、融資条件、土地と建物の所有者、つなぎ融資の有無、建築会社への支払いタイミングによって、登記の流れは変わります。

ただ、ここで気づいたのは、住宅ローン比較は「金利何%ですか」だけでは足りないということです。融資実行のタイミング、担保設定のタイミング、登記費用の内訳まで聞かないと、実際に出ていく現金の差が見えにくいです。

一条工務店のように建物代金の支払いタイミングを見ながら進める場合、つなぎ融資や分割実行の有無も絡みます。つなぎ融資の考え方は、一条工務店のつなぎ融資の記事でも整理していますが、抵当権設定のタイミングも同じく「借り方の流れ」とセットで確認したい項目です。

「完成後なら必ず0.1%」ではない

ここはかなり大事なので、強めに書いておきます。

建物完成後に抵当権を設定すれば、必ず登録免許税が0.1%になる、という単純な話ではありません。

住宅用家屋の軽減措置を使うには、自己居住用の住宅であること、床面積などの要件を満たすこと、新築または取得後の一定期間内に登記すること、住宅用家屋証明書を添付することなど、確認すべき条件があります。

たとえば国税庁の「マイホームを持ったとき」では、住宅用家屋の特例を受けるための要件として、自分が居住するための家屋であること、家屋の床面積が50㎡以上であること、新築後または取得後1年以内の登記であることなどが示されています。また、登記申請書に市区町村長の証明書を添付する必要があり、登記後に証明書を提出しても特例は受けられない旨も案内されています。

住宅用家屋証明書については、自治体の案内でも、所有権保存登記、所有権移転登記、抵当権設定登記にかかる登録免許税の軽減を受けるために法務局へ提出する証明書として説明されています。実際の申請書類や手数料は自治体によって変わるため、自分の家の所在地で確認する必要があります。

また、土地だけに先に抵当権を設定するのか、建物完成後に土地と建物へまとめて設定するのか、つなぎ融資を使うのか、土地が本人名義なのか家族名義なのかでも、登記の形は変わり得ます。

私のように土地の名義が家族側にあるケースでは、なおさら一般論だけで判断しにくいです。本人単独名義の土地に新築する場合、夫婦共有にする場合、親族名義の土地を担保に入れる場合では、金融機関が見たい書類や担保設定の考え方も変わります。住宅ローンの比較表に同じ金利が並んでいても、裏側の登記実務まで同じとは限りません。

だから、記事の数字だけを見て「自分も0.1%になるはず」と判断するのは危ないです。あくまで、自分のケースで登録免許税が何%になるのかを、金融機関や司法書士に確認するための材料として見てください。

住宅ローンは実質的な諸費用まで比較した方がいい

今回いちばん実感したのは、住宅ローンは金利だけで比較すると危ないということです。

たとえば、A金融機関は金利が少し低い。でも、抵当権設定の登録免許税が18.8万円。B金融機関は金利がほぼ同じで、登録免許税が4.7万円。こうなると、登録免許税だけで14.1万円の差があります。

もちろん、住宅ローンでは長期間の金利差の方が大きくなることも多いです。0.1%の金利差が何十年も続くなら、14.1万円どころではない差になることもあります。だから、登録免許税だけで金融機関を決めるのは違います。

それでも、金利差が小さい金融機関同士で迷っているなら、保証料、融資手数料、つなぎ融資の利息、登記費用、登録免許税、火災保険、手続きのしやすさまで合計して見た方が現実に近いです。

特に、注文住宅の資金計画では「建物価格」と「住宅ローンの毎月返済額」だけを見ていると、引き渡し前後の現金不足に気づきにくくなります。登記費用や保険料、外構、家具家電は、住み始める直前にまとめて現実味を帯びてきます。だからこそ、金融機関比較の段階で諸費用の内訳まで見ておく意味があります。

私は、住宅ローン比較では次の順番で見るのが現実的だと思っています。

• 毎月返済額と総返済額
• 保証料、融資手数料、団信上乗せ金利
• つなぎ融資や分割実行にかかる費用
• 抵当権設定登記の登録免許税
• 司法書士報酬、火災保険、電子契約手数料などの実費

住宅ローン相談で聞いておきたい質問

今回の経験から、住宅ローン相談では次のように聞くのがよさそうだと感じました。

「登記費用はいくらですか？」だけだと、登録免許税、司法書士報酬、実費がまとめて返ってくることがあります。それでも総額としては大事ですが、金融機関ごとの差を見たいなら、登録免許税だけを分けて聞いた方が比較しやすいです。

聞き方としては、「登記費用の概算をください」だけで終わらせず、「その中の登録免許税はいくらですか」「税率は何%で計算していますか」「軽減税率を使える前提ですか」と分けて確認するのがよさそうです。司法書士報酬が金融機関指定で変わる場合もありますが、今回のように税率そのものが違う話とは切り分けて見た方が判断しやすくなります。

また、担当者にその場で即答を求めすぎないことも大事だと思いました。抵当権設定の登記は、金融機関、司法書士、建築会社、土地と建物の名義が絡みます。少しでも曖昧なら、「司法書士確認後の概算でいいので、登録免許税の税率と金額を分けて教えてください」と依頼する方が現実的です。

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まとめ：住宅ローンは金利だけ比較しても不十分だった

住宅ローンを比較するとき、金利や融資手数料を見るのはもちろん大事です。

でも、今回の経験で、抵当権設定のタイミングによって登録免許税が変わる可能性があることを知りました。4,700万円の借入で見ると、0.4%なら18.8万円、0.1%なら4.7万円。差額は14.1万円です。

これは金利差ではなく、金融機関の融資方法や登記の進め方による差として出てくることがあります。だからこそ、住宅ローン相談では「抵当権はいつ設定しますか」「登録免許税は何%で見ていますか」と具体的に聞いておく価値があります。

もちろん、軽減措置を使えるかどうかは条件次第です。住宅用家屋証明書、土地と建物の所有関係、融資の流れ、つなぎ融資の有無などで変わるため、最終的には金融機関や司法書士に確認してください。

それでも、住宅ローンは金利だけ比較しても不十分だった、という気づきはかなり大きかったです。家づくりの資金計画では、毎月返済額だけでなく、最初に出ていく現金も含めて見ておく方が安心です。

見積書を受け取ったら、登録免許税の行だけは一度立ち止まって見るようにしたいです。

制度情報は2026年7月時点で、国税庁「マイホームを持ったとき」、財務省「登録免許税に関する資料」、国土交通省「住宅用家屋の所有権の保存登記等に係る特例措置」、自治体の住宅用家屋証明書案内を確認しています。